Das Kongruenzprinzip besagt, dass sich die Grundstückgewinnermittlung auf das umfänglich und inhaltlich gleiche Grundstück beziehen muss, welches seinerzeit erworben wurde. Es zielt darauf ab, bei der Ermittlung des Grundstückgewinns im Veräusserungszeitpunkt vergleichbare Verhältnisse wie im Erwerbszeitpunkt zu schaffen. Beim Verkauf eines Grundstücks ist somit derjenige Zustand für den Vergleich massgebend, der die Basis für die Festlegung des Kaufpreises der Vertragsparteien gebildet hat. Bei der Ermittlung des Gewinns sind nur jene liegenschaftlichen Werte als Anlagekosten zu berücksichtigen, die durch den Kaufpreis abgegolten werden sollen. Dabei sind tatsächliche oder rechtliche Veränderungen in der Wertsubstanz des Grundstücks während der Besitzdauer durch Substanzvermehrungen (z. B. wertvermehrende Bauten) oder –minderungen (z. B. Abbruch von Bauten) bei der Ermittlung des Grundstückgewinns zu berücksichtigen resp. auszugleichen. Mit Blick auf Erlös und Anlagekosten muss also Gleiches mit Gleichem verglichen werden, mithin müssen vergleichbare Verhältnisse hergestellt werden.
Die Substanzvermehrung beinhaltet primär die tatsächliche oder rechtliche Wertvermehrung eines Grundstücks, welche z. B. durch die Überbauung des Grundstücks, die Ein- oder Aufzonung oder die Grundstücksvergrösserung mittels Zukaufs von einer benachbarten Parzelle erfolgen kann. In einem solchen Fall ist die Substanzvermehrung durch einen entsprechenden Zuschlag beim Erwerbspreis bzw. den Anlagekosten auszugleichen.
Eine Substanzminderung hingegen kann beispielsweise durch tatsächliche oder rechtliche Verschlechterung oder Substanzabnahme am Grundstück erfolgen. Als Beispiele von Substanzminderungen können eine Veräusserung von Grundstücksteilen, der Abbruch von Gebäuden resp. Gebäudeteilen oder die Qualifikation als tatsächliches oder wirtschaftliches Abbruchobjekt bereits im Zeitpunkt des Erwerbs genannt werden. In solchen Fällen ist beim Erwerbspreis bzw. den anrechenbaren Anlagekosten eine entsprechende Korrektur vorzunehmen.